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菌袋在室内培养期间要翻堆4～5次，第1次在接种后6～7天，以后每隔7～10天翻堆一次。翻袋时认真检查杂菌，及时处理。
轻度污染只在菌袋扎口处或褶皱处出现零星点状或丝状的杂菌小菌落，没有蔓延的可用注射针筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害处，并用手指轻轻按摩表面，使药液浸入杂菌体内，然后用胶布粘住注射口。
接种穴污染杂菌侵入接种穴，而菌丝还处于生长阶段，对香菇菌丝生长影响不太大的菌袋，可先用5%～10%的石灰水上清液，后用50%多菌灵溶液抹涂患处，但要避免涂到香菇菌丝。如发现死菌的，应在无菌条件下重新接种。
严重污染菌袋基本遍布杂菌花斑点，应采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液闷堆一夜，摊开后晒干，重新配料，装袋灭菌，再接种培养。
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